Ya en época romana se tienen noticias de un incipiente núcleo de población en lo que luego sería Aljucer, ya que por sus tierras discurría una desviación de la vía Augusta que pasaba por "Albaldel" camino de la ciudad de Cartagena.

No obstante será en el periodo de dominación musulmana cuando se inicie su pujanza como punto fundamental en la distribución de las aguas de riego por la huerta de Murcia, debido a que en esta zona son ocho las acequias menores que toman sus aguas de la acequia mayor de Barreras : por la margen derecha, Alquibla menor, Aljorabia, Alguazas y Junco; y por la margen izquierda, Albatel, Batán, Gabaldón y la Herrera. Además serán los árabes los que le asignen el nombre con el que actualmente conocemos la pedanía, y que claramente está relacionado con el líquido elemento, aunque existen dos teorías sobre el origen del topónimo: Bernal Segura lo hace provenir de Yezira - isla -, a cuyo plural se antepone el artículo al y se compone al-Yuzúr - las islas. Frente a esta tesis, Hernández Carrasco señala que su origen hay que buscarlo en la palabra árabe yirs, y mas concretamente, con su diminutivo yuzair - puentecillo - al que también se antepone el artículo al, produciéndose la derivación fonética de Al-yuzair, Aljçaer, Aluçcer o Aljuçer. En este periodo se conoce la existencia de una mezquita y dos "mezquitiellas", afirmándose por algún autor que en el lugar donde se ubicaba la primera se eleva el actual templo parroquial.

Con la conquista de Murcia por los cristianos, tal como señala el profesor Torres Fontes, "la partición de Aljucer se verifica en condiciones casi iguales a Rabad Algidit....", teniéndose constancia de que de las 394 tahullas repartidas en la cuarta partición, 53 pertenecían a Rodrigo Porcel que se las había adquirido con anterioridad al rey musulmán. Así mismo el citado historiador confirma que "en 1272, al entregar los mudéjares lo que les quedaba del heredamiento mayor de Alquibla, la tierra de Aljucer no repartida pasó a ser territorio adjudicado a la primera cuadrilla de criazón del rey, que toma el nombre de cuadrilla de Aljucer". La acequia de la Herrera era la línea divisoria entre Aljucer y Rabad Algidit - barrio nuevo - (hoy la Herrera, según Cascales), siendo la acequia de Alihud la que le separaba del lugar de Albadel.

Parece ser que el primer propietario del primitivo poblado de Aljucer fue Gonzalo Pagán Riquelme, esposo de Constanza Monreal Fajardo, habiéndolo recibido ésta por herencia, compartido con la familia Ayala, quedando posteriormente en propiedad de ésta familia, destacando entre sus miembros Juan de Ayala, marido de Catalina de Albornoz, y Fernando de Ayala, hijo de Guiomar Dávalos. No obstante, dada la riqueza de las tierras de Aljucer, otras familias nobles adquirieron posesiones, siendo conocidas las familias de los Valibrera y Lázaro, así como el marques de Torre Pacheco, condes de Campillos, condes de Heredia Espínola, condes de Almodovar, duques de Alburquerque, señores del Poyo,, señores de Fajardo y otros.

En el año 1713 Aljucer alcanza la consideración de Lugar de Realengo con Alcalde Pedáneo, cifrándose su población en el Censo de Floridablanca de 1786 en 422 vecinos, que venían a significar unas 2.114 almas.

En 1809 la población de Aljucer disminuye hasta los 376 vecinos, teniéndose constancia de que durante la Guerra de Independencia, en el lugar conocido como Torre López, se produjo un enfrentamiento con las tropas francesas a las que se les infringió una importante derrota, siendo apoyadas las tropas españolas, comandadas por el marqués de Zayas, por los vecinos de Aljucer, La Alberca y El Palmar. Posteriormente, durante el conocido como Trienio Liberal (1820-1823), Aljucer se acogió a la normativa que permitía su constitución como municipio independiente, que, según Ruiz Alemán y Morales Gil, contaba con una extensión de 385 Ha. y una población de 491 vecinos (1946 almas), teniendo en el trienio de 1841-1843 un juzgado municipal que contaba con media sala donde se celebraba los correspondientes juicios, aunque en ésta década de los cuarenta el municipio de Aljucer fue anexionado a El Palmar por depender del Curato de este pueblo.

Hacia mediados del siglo XIX, de la información aportada por Madoz, se constata la existencia en Aljucer de 450 casas, una escuela de niños de enseñanza elemental incompleta a la que asistían 54 alumnos y que estaba dotada con 1100 reales pagados por reparto vecinal, así como una iglesia que era aneja de la parroquia de El Palmar, estimándose su población en 218 vecinos (915 almas), dedicados a la agricultura y a la exportación de frutas. Así mismo se destaca la existencia sobre la acequia mayor de Barreras, de un molino harinero con una piedra y otro con dos piedras, sobre la misma acequia, llamado del Porche.

Desde mediados del siglo XX la evolución de su población mantuvo una trayectoria negativa, cifrándose su cota mas alta en los 7.139 habitantes de 1969. A partir de esta fecha sus cifras de población se mantienen entre los 5.500 y los 6.000 habitantes, denotándose un incremento a partir de la década de los noventa que lleva hasta los 6.641 habitantes de 1996. La base tradicional de su economía fue la agricultura, especialmente dedicada a frutales (limonero, naranjo, melocotonero, albaricoquero y ciruelo), aunque poco a poco sus pobladores se han ido dedicando a otras actividades, destacando el sector servicios, la industria manufacturera y la construcción, adquiriendo las tareas agrícolas un papel complementario de las otras actividades. Así mismo, dada la ubicación en el lugar de gran número de acequias fue tradicional la instalación de importantes molinos, contando con 7 molinos "maquileros" movidos por fuerza hidráulica: 4 sobre la acequia de Barreras, 2 sobre la de Alguazas y 1 sobre la del Batán. Posteriormente se construyeron 6 molinos más pero con maquinaria eléctrica. Así mismo se ubicaron en la zona fábricas de anisados y licores, de abonos orgánicos y piensos compuestos, así como importantes empresas dedicadas a la construcción y los servicios.

En estas tierras de la huerta de Murcia nació el imaginero Roque López (discípulo predilecto de Francisco Salzillo), aunque su lugar de nacimiento se lo disputa también la pedanía de Era Alta. Tampoco debe dejar de citarse a otro hijo ilustre de Aljucer, el prestigioso escultor Juan González Moreno, poseedor de innumerables premios y distinciones, entre los que destacan el Premio Madrigal de Escultura otorgado por la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando, varios Premios Salzillo de escultura, varias Medallas de la Exposición Nacional de Bellas Artes, etc...